A su muerte Menéndez Pelayo legó a la ciudad de Santander la biblioteca que fue formando a lo largo de su vida que él estimaba como la «única obra mía de la que me encuentro medianamente satisfecho». Para ubicarla se decidió construir un edificio de nueva planta que sustituyera al original utilizado por don Marcelino y donado por éste a la ciudad. En el pequeño solar contiguo a la casa donde había nacido y vivido el polígrafo se elevaba un pabellón levantado en 1892 que había hecho las veces de despacho y biblioteca.
La biblioteca ofrece un panorama muy completo al investigador y son significativos los repertorios bibliográficos de los que se custodian más de 500. Son abundantes los textos de los clásicos de los que cuenta con las ediciones griegas de Didot o las latinas de Valpy y Lemaire. La literatura refleja los gustos de Menéndez Pelayo con textos del Siglo de Oro, del XVIII y XIX.